امام باقر علیه‌السلام، فرزند امام چهارم و وصی و جانشین او بوده، فضایل و مکارم اخلاق آن حضرت از حدّ تحریر خارج و زبان از تقریر آن قاصر است. کسی از عامّه و خاصّه انکار ندارد که آنچه از اخبار و آثار در علوم دینی و تفسیر قرآن و فنون آداب از آن حضرت روایت شده، بالاتر از آن است که در عقل بگنجد.

دلیل بر امامت آن حضرت، یکی این است که جدّش حضرت رسول اکرم^‌(ص) تصریح فرموده و پدر بزرگوارش او را وصی و جانشین و امام قرار داده، و دیگر آن که از شرایط امامت، عصمت است و به اتفاق کلّ، در آن زمان به غیر از آن حضرت کسی دارای این مقام نبوده.

حضرت امام محمد باقر^‌(ع)، مظهر بارز کتاب مبین و واقف به تمام اسرار آفرینش بود. انسان کامل، فهرست کتاب وجود است؛ و آن نکات و دقایقی که در عالم کبیر موجود است، فهرست آن را می‌توان در عالم صغیر و کتاب وجود انسان یافت. مفهوم «لا رَطْبٍ وَ لا یابِسٍ اِلا فی کتابٍ مُبینٍ» نیز اشاره به همین حقیقت است که انسان، کتاب کوچک خلقت و عالم، کتاب بزرگ آفرینش است و قرآن، کتاب راهنمای عقل و خرد. تمام این کتب از نظر نقشه و اساس به هم پیوسته و مربوط و منطبق بر فطرتند، و کمال ظهور اسرار آنها در وجود انسان به طریق معنوی از ره طاعت است.

پس در نظام کل، نقشه یکی است، گاهی به اجمال و گاهی به تفصیل و انسان، اجمال آن تفصیل است. آنچه در آفاق است در انفس  است، جمله فاش و نهان است و آنچه در آفاق و انفس مُنْطَوی است، انسان کامل، بالجمله محتوی است.

آری نمایندگان الهی باید دارای فرمان و خصوصیات ممتازی باشند تا مردم ایشان را بشناسند و بدانند که برگزیدگان خدا و تربیت یافتگان مکتب شدیدالقوای آسمانی هستند. روحیه، افکار و نظریات آنان بسی والاتر و وسیع‌تر است از حدود اندیشه و افکار دیگران. نقشهٔ عالم وجود با تمام جزئیاتش در برابر چشم ایشان است. طرح آفرینش از مواد اولیه و عناصر و اتمها و غیره با حوادثی که بر آنها گذشته و می‌گذرد، اسرار وجود و راز آفرینش بر ایشان معلوم گردیده و خالق متعال آنان را به همهٔ عوالم آشنا ساخته است.

امام باقر علیه‌السلام به تبعیت از عقل کلّ و اشرف رسل، علاوه بر وقوف به جمیع اسرار آفرینش، احاطهٔ الهیه بر سرگذشت کلّ بشریت داشته در همهٔ مراحل، حضوری معنوی دارد. چه، ارواح انسان‌ها پس از سیر عوالم و مراحلی، به مشیت الهی قدم بدین عالم خاکی نهاده در کالبد جسمانی محبوس شده‌اند. در طی آن مراحل، مشاهدات، علوم و معارف بسیاری برای آن انوار مجرّده حاصل شده است، ولو آن تعالیم و سیر معنوی را فعلاً به یاد نداشته باشند. اما نسیان دلیل بر عدم اخذ آنها نبوده، علل و عواملی ممکن است سبب تذکر و تشریح آن تعالیم ازلی و حقایق ملکوتی گردد.

مهمترین مانع و حجاب، غلبهٔ خواص قوای جسمانی بر خواص قوای روحانی انسان است و لذا کمال ادراک و تذکر، موقعی است که در اثر تزکیه و تقوی و تسلیم و فناء، روح از قید تعلّقات نفسانی به کلی رها شود. آنگاه قلب می‌تواند آن حقایقی را که در اول دیده بود، ببیند و آن نداهای حقی را که در ازل شنیده بود، بشنود و بر مراتب تکامل خود بیفزاید، که زمینهٔ تکامل روح در این عالم فراهم گشته و روحی که به کالبد جسمانی تعلّق نگرفته، هنوز ناقص است.

بنابراین، کمیت و کیفیت این حجب، برای همگان یکسان نیست. مقرّبین درگاه الهی، بخصوص حضرت رسول اکرم^‌(ص) و اوصیاء ایشان، با وجود تعلق ظاهری روحشان به کالبد جسمانی، در چنان مرتبه از تقوی و کمالند که علاوه بر مشاهدهٔ جمیع معقولات، مراحل سیر قبلی خود را به یاد دارند و کیفیت سیر مراحل معنوی انبیاء و جمیع امّت‌ها را نیز می‌بینند. آری حضرت رسول اکرم^‌(ص) ظاهراً خاتم‌الانبیاء ولی به جهت کمالات معنوی و احاطهٔ وجودی بر جمیع ماسوی‌الله، در حقیقت اولین پیامبران است. اوصیاء و خلفای آن حضرت، از جمله امام باقر^‌(ع) نیز همان خصوصیات را دارا هستند. علوم آنها از یک منبع سرچشمه گرفته و دانش و تربیت ایشان در یک مکتب بوده، از این جهت هیچ فرقی بین آنها نیست مگر در مصادیق خارجی که آن هم به علل اقتضای محیط می‌باشد.

امام باقر علیه‌السلام، شکافندهٔ معارف اولین و آخرین، با احاطهٔ عالی و بی‌نظیر بر جمیع کاینات، آن همه علم و دانش و معارف را به مردم آموخت و محیط تاریک فرهنگ اسلام را مبدّل به انوار مشعشع علم و دانش نمود. آن نور الهی به واسطهٔ اتّصال به مرکز نور حقیقت که علم و معرفت است، احتیاج به معلّم نداشته بلکه در مکتب الهی تکمیل تحصیل نموده بود.

از فرمایشات آن حضرت است: آمیخته نشده است هیچ چیزی، به چیز دیگر که بهتر باشد از آمیخته شدن علم به حلم.

رسیدن انسان به مرتبهٔ کمال با سه چیز است: فهمیدن و بصیرت پیدا کردن در دین و احکام، و صبر کردن بر مصائب و کارهای دشوار، و اندازه قرار دادن در امر معیشت.

سه چیز از مکارم دنیا و آخرت است: اول آن که عفو کنی کسی را که بر تو ستم کرده است. دوم صله و پیوند کنی با کسی که از تو بریده است. سوم حلم کنی با کسی که از روی جهل و نادانی با تو بدرفتاری کرده است.

بپرهیز از کسالت و ملالت که این دو کلید هر بدی است: زیرا کسی که کسالت را بر خود روا دارد ادای هیچ حقّی نکند؛ و کسی که ملالت را بر خود راه دهد، بر مشکلات صابر و شکیبا نتواند بود.

ایمان و حیا دو گوهر گرانمایه‌اند که در یک رشته منظوم هستند، اگر یکی از آن دو برود، دیگری نیز خواهد رفت.

عالمی که مردم از علم او بهره‌مند می‌شوند، افضل است از هفتاد هزار عابد.

در فضیلت علم و عالم، اخبار و احادیث بسیار وارد شده، چنان که فرموده‌اند: یک رکعت نماز عالم ربّانی افضل است از هفتاد هزار رکعت نماز عابد. چه، عالم ربانی از روی علم و دانایی و درک حکمت، نماز می‌خواند و عابد تعبّداً یا از روی علم تقلیدی؛ و چه بسیار فرق است بین علم کشفی و علم تقلیدی. این که فرموده‌اند: مداد علما افضل است از خون‌های شهداء، بدین علت است که هرچه آثار معنوی چیزی بیشتر، مقام و فضیلتش بالاتر.